fmalmeida/MpGAP

🧬 MpGAP: Pipeline Nextflow cho assembly genom đa nền tảng

MpGAP đóng gói các công cụ phổ biến cho assembly genom de novo từ dữ liệu Illumina, PacBio và Nanopore, hỗ trợ chạy qua Docker/Singularity.

MpGAP là một pipeline Nextflow chung, hỗ trợ de novo genome assembly từ dữ liệu Illumina, PacBio và Oxford Nanopore. Pipeline sử dụng Docker/Singularity để đảm bảo tính tái lặp và dễ dàng cài đặt. MpGAP hỗ trợ ba chế độ: Illumina only, long reads only, và hybrid.

✨ Điểm nổi bật

• Assemblers đa dạng: Hifiasm, Canu, Flye, Raven, Shasta, wtdbg2, Unicycler, Spades, Megahit.
• Polishers: Nanopolish, Medaka, gcpp, Pilon, Polypolish.
• Kiểm tra chất lượng: Quast, BUSCO, MultiQC.
• Hỗ trợ đa nền tảng: Docker, Singularity, Conda.
• Chế độ hybrid assembly: Kết hợp dữ liệu ngắn và dài để tăng độ chính xác.
• Tích hợp công cụ chuẩn: Dựa trên Nextflow DSL2, dễ triển khai trên nhiều nền tảng.
• Tài liệu chi tiết: Hướng dẫn cài đặt và sử dụng trên ReadTheDocs.
• Pipeline liên quan: Có sẵn pipeline NGS preprocessing và bacnet annotation từ cùng tác giả.

💡 Vì sao đáng chú ý

MpGAP khác biệt nhờ sự lựa chọn công cụ phong phú và tích hợp sẵn, giúp người dùng không phải cấu hình từng bước thủ công. Đặc biệt hữu ích cho nghiên cứu genom vi khuẩn và các dự án cần kết quả tái lặp cao.

#GenomeAssembly #Nextflow #Bioinformatics #HybridAssembly #TiniX