nf-core/bacass

🧬 Pipeline lắp ráp và dự báo gen vi khuẩn bằng Nextflow — hỗ trợ assembly ngắn, dài và kết hợp

Một pipeline Nextflow chuẩn nf-core, thiết kế để dựng lại gen vi khuẩn từ dữ liệu NGS ngắn (Illumina) và/hoặc dài (Nanopore), kèm công cụ đánh giá chất lượng và kiểm tra nhiễm khuẩn.

nf-core/bacass là một pipeline phân tích theo tiêu chuẩn bioinformativs tốt nhất, được xây dựng bằng Nextflow DSL2. Pipeline hỗ trợ dựng lại gen cho vi khuẩn từ dữ liệu NGS ngắn, dài, hoặc cả hai (hybrid assembly). Mỗi bước đều chạy trong môi trường Docker/Singularity độc lập, đảm bảo tính tái lập và dễ bảo trì.

✨ Điểm nổi bật

• Short Read Assembly: cắt lọc chất lượng bằng FastP, QC bằng FastQC, dựng lại bằng Unicycler hoặc MEGAHIT.
• Long Read Assembly: hỗ trợ downsample bằng Rasusa, cắt adapter bằng PoreChop, lọc chất lượng bằng Filtlong, QC bằng NanoPlot và PycoQC.
• Hybrid Assembly: kết hợp cả dữ liệu ngắn và dài để tối ưu độ chính xác.
• Kiểm tra nhiễm khuẩn: sử dụng Kraken2 và Kmerfinder để xác minh tính sạch của mẫu.
• Nhiều bộ lắp ráp lựa chọn: Unicycler, Miniasm+Racon, Canu, Flye, Raven, Autocycler.
• Đóng gói bởi nf-core/modules: các process được chuẩn hóa và tái sử dụng toàn cộng cộng đồng Nextflow.
• CI/CD tự động: kiểm thử trên AWS với dữ liệu thật, lưu kết quả để so sánh phiên bản.
• Hỗ trợ nhiều nền tảng: Conda, Docker, Singularity, Seqera Platform.

💡 Vì sao đáng chú ý

Khác với các công cụ dựng lại gen đơn lẻ, nf-core/bacass tích hợp toàn bộ quy trình từ QC, assembly đến kiểm tra nhiễm khuẩn trong một pipeline duy nhất, giảm thiểu công sức cài đặt và cấu hình. Việc sử dụng Nextflow DSL2 với một container cho mỗi process giúp pipeline dễ dàng cập nhật và mở rộng. Đặc biệt, pipeline được kiểm thử tự động trên AWS với dữ liệu thực, mang lại sự tin cậy cao khi chạy trên môi trường sản xuất.

Pipeline phù hợp cho các nhà nghiên cứu, viện nghiên cứu mô hình, và phòng thí nghiệm sinh học phân tích cần dựng lại và dự báo gen vi khuẩn một cách nhanh chóng và chuẩn xác.

#Nextflow #Bioinformatics #GenomeAssembly #Nanopore #nf-core #BacterialGenomes #TiniX