OpenMed/OpenMed-NER-GenomeDetect-ModernMed-395M
🧬 OpenMed-NER-GenomeDetect-ModernMed-395M(https://huggingface.co/OpenMed/OpenMed-NER-GenomeDetect-ModernMed-395M) Specialized model for Gene/Protein Entity Recognition - Gene and protein mentions !License(https://img.shields.io/badge/License-Apache...
Thành tựu nổi bật
Những danh hiệu mới nhất của dự án
#1 Repository Của Tháng
#1 Repository Của Tháng
#1 Repository Của Tháng
🧬 OpenMed-NER-GenomeDetect-ModernMed-395M: Nhận dạng Gen/Protein trong Văn bản Y sinh
Mô hình fine-tune ModernBERT chuyên nhận dạng thực thể gen và protein từ văn bản y tế và nghiên cứu khoa học.
Đây là mô hình transformer được tinh chỉnh để nhận dạng thực thể gen và protein trong văn bản y sinh như hồ sơ bệnh nhân, báo cáo nghiên cứu và bài báo khoa học. Dựa trên kiến trúc ModernBERT, mô hình được huấn luyện trên bộ dữ liệu BC2GM (BioCreative II Gene Mention), một chuẩn benchmark trong lĩnh vực gen và protein.
✨ Điểm nổi bật
- Fine-tune ModernBERT: Sử dụng kiến trúc ModernBERT hiện đại cho bài toán nhận dạng thực thể y sinh.
- Dataset BC2GM: Huấn luyện trên bộ dữ liệu chuẩn từ BioCreative II, chứa hàng ngàn câu từ báo cáo MEDLINE có chú thích gen/protein.
- Hỗ trợ 2 nhãn:
B-GENE/PROTEINvàI-GENE/PROTEINđể xác định ranh giới thực thể. - Hiệu suất ổn định: Đạt F1 = 0.85, Precision = 0.85, Recall = 0.86 trên bộ kiểm tra.
- Tích hợp Hugging Face: Tương thích trực tiếp với thư viện Transformers, dễ dàng triễn khai qua pipeline.
- Ứng dụng đa dạng: Hỗ trợ khai thác tri thức y sinh như phát hiện tương tác thuốc, giám sát phục tùng thuốc, và xây dựng đồ thị tri thức y học.
💡 Vì sao đáng chú ý
Mô hình không chỉ tập trung vào độ chính xác mà còn được thiết kế để ổn định trong môi trường thực tế như báo cáo lâm sàng và hồ sơ bệnh nhân. Với nền tảng ModernBERT, nó cải thiện khả năng ngữ cảnh so với các kiến trúc truyền thống, đặc biệt hiệu quả với tên gen và protein có cú pháp phức tạp. So với các mô hình lớn khác trong cùng nhóm OpenMed, bản thân nó là lựa chọn cân bằng giữa kích thước mô hình và hiệu năng, phù hợp cho các hệ thống cần nhận dạng thực thể y sinh nhanh và chính xác.
#BiomedicalNLP #NER #GenomeDetection #ModernBERT #OpenMed #TiniX
Similar Projects
Discover other similar projects and AI models.
all-MiniLM-L6-v2 This is a sentence-transformers(https://www.SBERT.net) model: It maps sentences & paragraphs to a 384 dimensional dense vector space and can be used for tasks like clustering or semantic search. Usage (Sentence-Transformers) Using t...
Cross-Encoder for MS Marco This model was trained on the MS Marco Passage Ranking(https://github.com/microsoft/MSMARCO-Passage-Ranking) task. The model can be used for Information Retrieval: Given a query, encode the query will all possible passages...
sentence-transformers/paraphrase-multilingual-MiniLM-L12-v2 This is a sentence-transformers(https://www.SBERT.net) model: It maps sentences & paragraphs to a 384 dimensional dense vector space and can be used for tasks like clustering or semantic se...
BERT base model (uncased) Pretrained model on English language using a masked language modeling (MLM) objective. It was introduced in this paper(https://arxiv.org/abs/1810.04805) and first released in this repository(https://github.com/google-resear...
🧬 OpenMed-NER-GenomeDetect-ModernMed-149M(https://huggingface.co/OpenMed/OpenMed-NER-GenomeDetect-ModernMed-149M) Specialized model for Gene/Protein Entity Recognition - Gene and protein mentions !License(https://img.shields.io/badge/License-Apache...
🧬 OpenMed-NER-GenomeDetect-SuperClinical-434M(https://huggingface.co/OpenMed/OpenMed-NER-GenomeDetect-SuperClinical-434M) Specialized model for Gene/Protein Entity Recognition - Gene and protein mentions !License(https://img.shields.io/badge/Licens...
Whisper Whisper is a state-of-the-art model for automatic speech recognition (ASR) and speech translation, proposed in the paper Robust Speech Recognition via Large-Scale Weak Supervision(https://huggingface.co/papers/2212.04356) by Alec Radford et...
Model Card for T5 Small !model image(https://camo.githubusercontent.com/623b4dea0b653f2ad3f36c71ebfe749a677ac0a1/68747470733a2f2f6d69726f2e6d656469756d2e636f6d2f6d61782f343030362f312a44304a31674e51663876727255704b657944387750412e706e67) Table of Con...
Qwen3.8-27B !Note This repository contains model weights and configuration files for the post-trained model in the Hugging Face Transformers format. These artifacts are compatible with Hugging Face Transformers, vLLM, SGLang, TokenSpeed, etc. !Tip F...